超级计算中心是学校六大公共实验中心之一，挂靠中国科学技术大学网络信息中心。本着推动科学计算、促进人才培养的建设方针，中心面向校内所有有高性能计算需求的科研院系、实验室、教师、学生提供高性能计算服务，并建有“研究生超级计算实验训练中心”培训超级计算相关人才。中心现有系统的总理论计算能力达到687.15万亿次/秒，其中CPU计算能力为515.5万亿次/秒，GPU计算能力为145.36万亿次/秒、MIC计算能力为26.28万亿次/秒。
2002年底，学校决定建设第五公共服务平台，即科学计算平台（超级计算平台）。2003年10月初步建成中国科大-中国惠普高性能运算联合实验室，后经几年的不断发展扩建，逐步建设成为现在的中国科学技术大学超级计算中心（简称超算中心）。
超算中心是学校六大公共实验中心之一，挂靠中国科学技术大学网络信息中心，中心主任为网络信息中心主任李京，副主任为网络信息中心主任助理李会民。中心设有专家组，主要负责对超算中心的建设、运行、管理和发展等提出指导和咨询意见，对超算中心的重大问题，包括软硬件建设和运行资金的筹措与资源的使用等做出决策和决定。专家组组长为杨金龙教授，专家组成员：陈华平、陈晓非、丁泽军、傅尧、李京、陆夕云、盛六四。
本着推动科学计算、促进人才培养的建设方针，中心面向校内所有有高性能计算需求的科研院系、实验室、教师、学生提供高性能计算服务，并建有“研究生超级计算实验训练中心”培训超级计算相关人才，并建有苏州分中心提供基于寒武纪智能芯片的超级计算资源等。
2013年9月，新建成的位于校东区新图书馆一楼的超级计算中心机房（机房简介、服务器托管），可为校内提供更多优质高效的计算资源与服务。
超算中心积极争取资源与合作，目前：
中心现有系统的总理论计算能力达到687.15万亿次/秒，其中CPU计算能力为515.5万亿次/秒，GPU计算能力为145.36万亿次/秒、MIC计算能力为26.28万亿次/秒：
曙光TC4600百万亿次超级计算系统；
ChinaGrid高性能计算集群；
刀片及胖节点超算系统。
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