1969年10月，国务院科教组组长、国务院驻中国科学院联络员刘西尧主持拟订中国科大《关于要求创办“五七教育革命实验基地”的报告》。基地既是学校，又是工厂、农场、科研单位，地点拟设在河南省南阳地区，计划二三年内完成基地筹建工作，并把学校逐步迁到基地。国务院副总理李先念、谢富治批示同意。校革委会派人到南阳等地考察选点。考察人员认为在南阳山区、丘陵地带开办基地确有困难。1969年10月26日，中共中央下发《关于高等学校下放问题的通知》，刘西尧经与安徽省革命委员会主任李德生协商，指令中国科大“战备疏散到安徽省安庆市。先遣人员90人12月初赶赴安庆，随后900人到达该市，被安置在安庆市委党校的一栋三层小楼里，拥挤不堪，食宿等基本生活无法维持。1970年1月，校军宣队政委贺魁民、革委会副主任杨秀清随同科学院军代表尚可、革委会副主任王锡鹏到合肥向安徽省革委会主任李德生、副主任娄学政汇报工作并办理移交手续，商定学校搬迁到合肥市，在原合肥师范学院校址办学；并决定将全校人员分散到淮南、马鞍山、铜陵、合肥等地厂矿、农场进行“斗、批、改”，半天劳动，半天搞“运动”。
        中国科大自1969年12月开始迁入安徽，至1970年10月基本完成搬迁。总计组织货运装车70余次，运货量865吨，装运仪器、器材、图书、档案等35000箱；迁出家属470多户，组织职工、学生、家属客运20多批，约6000人次，用火车皮510多节，搬迁费达77万元。
    学校迁入合肥时，仪器设备损失2/3，教师流失1/2以上。教学、生活用房严重不足，校舍面积不到6万平方米。1972年，全校讲师以上职称的教师不足百人。
    1971年9月，国务院决定将中国科大改为安微省与三机部双重领导，以安徽省为主。1973年3月，经国务院批准，中国科大改为安徽省和中国科学院双重领导，以安徽省为主。1975年9月，中国科学院经请示国务院，决定中国科大由以安徽省领导为主改为以中国科学院领导为主。
    1972年，随校南迁的刘达恢复校党委书记职务。在学校濒临解体的极端困难条件下，中国科大全体校职工在校党委的领导下，满怀对学校的拳拳挚爱，对科学的孜孜追求，自强不息，开始了艰难的第二次创业。1972年，学校重建了数理化基础课教研室，广大师生在十分恶劣的条件下开始了教学科研工作。学校决定将分布在全国范围各种岗位上的300多名1968～1970届毕业生招回学校进修，举办“回炉班”，以提高他们的业务素质。“回炉班”结业后，他们与学校从各地所招的200余名教师一起充实了学校的教师队伍，使队伍建设取得重要进展，为后来形成以年轻人才为主体的师资队伍奠定了良好的基础。在此期间招收的1972～1976级工农兵学员，学制改为3年。