近代物理系（4系）1958年创办于北京，时名原子核物理与原子核工程系。首任系主任是赵忠尧院士，严济慈、张文裕、彭恒武、关肇直等知名学者曾任教于此。1961年更名为近代物理系，1970年近代物理系随校迁至合肥。现已成为全国理科人才培养基地之一。
　　近代物理系现有五个博士学科点：理论物理、粒子物理与原子核物理、等离子体物理、原子分子物理、物理电子学，分属于物理学、应用物理学、电子科学技术三个一级学科。均具有学士、硕士、博士学位授予权，设有博士后流动站。理论物理、粒子物理与原子核物理、等离子体物理和原子分子物理为国家重点学科，物理电子学为安徽省重点学科。

　　近代物理系设理论物理、等离子体物理、粒子物理与原子核物理、原子与分子物理和物理电子学五个专业进行本科教学工作。自2000级起本科学制四年，本科前2年以扎实的数理基础教育为主，后2年结合研究前沿进行泛专业的基础教育，鼓励学生进入实验室参与研究。约40%优秀本科毕业生可以免试进入研究生阶段，研究生教育以培养博士学位研究生为主。近代物理系的教育特点是：重视基础，崇尚学术自由，坚持科学与技术、教学与研究、理论与实践相结合。

　　近代物理系现有教职员工118人。教授49名，其中博士生导师38名；副教授30名。半数以上教师具有博士学位。在校本科学生近500名，研究生近200名，其中攻读博士学位者70名。

第一任系主任 赵忠尧 院士 (兼)(1958-1978)

第二任系主任 张文裕 院士 (兼)(1978-1984)

第三任系主任 阮图南 教授(1984-1988)

第四任系(常务)副主任: 韩荣典 教授(1989-1993)

第五任系主任 俞昌旋 教授(1993-1998)

第六任系主任 李 定 教授(1998-2000)

第七任系主任 周先意 教授(2000-2001)

第八任系主任 刘万东 教授(2001-至今)